Pozorovaná mikroevoluce však vedla darwinistické biology dále. Pokusili se jí vysvětlit rozmanitost celého živého světa. Jejich úvaha je taková: pokud dochází ke genetickým mutacím, které se šíří v populaci, pak můžeme předpokládat, že se postupně drobně střádají tak, že potomek B má natolik odlišnou genetickou výbavu než jeho pra... pra... pra... předek A, že je jiného biologického druhu. Zároveň může existovat potomek prapředka A, třeba C, který je jiného druhu než potomek B. Přitom ke změně dochází pozvolna, postupné drobné genetické změny způsobí, že propasný rozdíl je patrný mezi jedinci po mnoha a mnoha generacích. Evoluční teorie tedy předpokládá, že se druhy na základě pozvolných mutací a změn genetické výbavy vyvinuly z jednoho jediného živého organismu. Tato teorie je známa jako makroevoluce.
Domnívám se, že přechod od mikroevoluce k makroevoluci je unáhleným zobecněním, které umožňují následující předpoklady:
- druhová přirozenost je plně určená genetickou výbavou (genomem);
- druhy jsou epistemologická pomůcka, určitá pojmová kategorie, která umožňuje virtuálně zastavovat stále tekoucí univerzum v určitých fázích.
Biologové zastávající teorii makroevoluce argumentují tím, že díky paleontologii nacházíme spojovací články mezi jednotlivými druhy, že nám paleontologie umožňuje náhled do stavů univerza v minulosti. K tomu je třeba říci, že
- vykládat paleontologické nálezy jako důkazy pro makroevoluci vyžaduje již předpokládat platnost teorie makroevoluce,
- pokud nepřijímáme teorii makroevoluce, není důvod, proč komponovat dané "články" do evoluční kauzální řady a nepovažovat je za samostatné vyhynulé druhy.
Tedy důkaz makroevoluce z paleontologie je kruhový. Přechod od empiricky pozorované mikroevoluce k makroevoluci zase vyžaduje předpoklad určitého ontologického modelu. Právě potvrzení či vyvrácení jeho platnosti by mělo stát na začátku všech úvah o možnosti makroevoluce.